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科技服務(wù)

SCIENCE AND TECHNOLOGY SERVICE

原核轉(zhuǎn)錄組測序

產(chǎn)品簡介

原核轉(zhuǎn)錄組測序分析是針對原核微生物設(shè)計開展的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序分析研究。微生物在特定生境或時期中會表現(xiàn)出基因表達差異性,以此應(yīng)對環(huán)境變化。由于原核生物mRNA沒有polyA尾結(jié)構(gòu),所以需要去除核糖體RNA、構(gòu)建鏈特異性文庫等實驗步驟,最終獲得特定時期或者環(huán)境下微生物體內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄本(包括mRNA,非編碼RNA等)的表達量差異信息及功能特征,從而找出關(guān)鍵的差異功能基因。

研究內(nèi)容

1) 測序質(zhì)量值分布統(tǒng)計;
2) 測序堿基質(zhì)量控制;
3) 測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計;
4) 與參考基因組比對分析; 
5) 基因表達定量; 
6) RNA-Seq整體質(zhì)量評估:Insert長度檢驗;測序隨機性分析;測序飽和度分析; 
7) SNP分析; 
8) 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測; 
9) 基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化分析; 
10) UTR分析; 
11) 反義轉(zhuǎn)錄本預(yù)測;
12) 重復(fù)相關(guān)性檢測(有生物學(xué)重復(fù)); 
13) 不同樣品表達量對比(兩個或以上樣品); 
14) 差異表達基因篩選(兩個或以上樣品); 
15) 差異表達基因聚類分析(兩個或以上樣品); 
16) 差異表達基因的功能注釋及富集分析(兩個或以上樣品): 差異表達基因GO功能富集;差異表達基因COG分類;差異表達基因KEGG注釋;差異表達基因KEGG通路富集分析;
17) sRNA分析。

結(jié)果展示

送樣建議

1) 樣品類型:總RNA;
2) 樣品濃度:≥50ng/μg;
3) RNA總量:≥2μg;
4) RNA純度:OD260/280:1.8-2.0;OD260/230≥1.8,260處有正常峰值;
5) RNA完整度:RIN≥6.8。


010-80543251

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